Li Shen Blog

Stay hungry, stay foolish.

EasyArray - 简单的microarray差异分析平台

沈大力

可以先用测试文件熟悉一下:测试文件

平台地址:点击这里

EasyArray是一款简单的microarray差异分析平台,目标是为了让不会写代码的科研研究人员可以通过简单的参数设置,一键生成基本的表格和图。

内嵌算法:Limma,ggplot2。

当前版本功能:

  1. 差异基因筛选
  2. 样本丰度、一致性分析(箱线图)
  3. 差异基因火山图

用法:

  1. 上传文件:上传microarray的表达矩阵的csv文件。注意,上传前请确定你上传的文件已做过预处理,如探针ID转基因名,去重等等,具体格式可参考测试文件(测试文件进行的处理:探针ID转基因名,去除空探针,去除不确定的探针,去重)。
  2. 确定样本量:EasyArray的设定逻辑是,假设有N个样本,1-m是疾病组,m-N则是对照组(如测试文件中,1-58是癌症组,59-63是对照组)。因此,在你上传csv文件前,请先确定你的文件中分组是按照此逻辑进行的。
  3. 提交任务:样本量确定后,就可以点击提交任务进行分析。分析完成后可自行下载需要的数据。

 

由于经费有限,目前我所使用的服务器配置很低(1核1GB),且位置在香港,因此运行过程可能会有些慢,还请耐心等待。

后续还会加入更多的功能,如查看指定基因表达情况,富集分析,WGCNA分析等等。我也会尽力提高服务器的配置。如有任何建议或问题,可以在此留言,或者给我发邮件:lishen0709@gmail.com。我会及时回复。

 


10.21更新:

尝试了一下画热图(用pheatmap),放弃了。单核1G内存根本没法跑。所以需要热图的小伙伴还是用自己的数据本地去跑吧。会R的可以参考:《使用pheatmap包绘制热图》不会的用graphpad画就行了。

 

716人读过
生物信息 工具/方法/算法
Oct. 13, 2020, 8 a.m.

评论:

登录后方可评论,点击登录注册

评论列表:

暂无评论。

苏公网安备 32050602011302号

苏ICP备2020062135号-1
Copyright© Li Shen. All rights reserved.