EasyArray - 简单的microarray差异分析平台

可以先用测试文件熟悉一下：测试文件。

平台地址：点击这里。

EasyArray是一款简单的microarray差异分析平台，目标是为了让不会写代码的科研研究人员可以通过简单的参数设置，一键生成基本的表格和图。

内嵌算法：Limma，ggplot2。

当前版本功能：

1. 差异基因筛选
2. 样本丰度、一致性分析（箱线图）
3. 差异基因火山图

用法：

1. 上传文件：上传microarray的表达矩阵的csv文件。注意，上传前请确定你上传的文件已做过预处理，如探针ID转基因名，去重等等，具体格式可参考测试文件（测试文件进行的处理：探针ID转基因名，去除空探针，去除不确定的探针，去重）。
2. 确定样本量：EasyArray的设定逻辑是，假设有N个样本，1-m是疾病组，m-N则是对照组（如测试文件中，1-58是癌症组，59-63是对照组）。因此，在你上传csv文件前，请先确定你的文件中分组是按照此逻辑进行的。
3. 提交任务：样本量确定后，就可以点击提交任务进行分析。分析完成后可自行下载需要的数据。

由于经费有限，目前我所使用的服务器配置很低（1核1GB），且位置在香港，因此运行过程可能会有些慢，还请耐心等待。

后续还会加入更多的功能，如查看指定基因表达情况，富集分析，WGCNA分析等等。我也会尽力提高服务器的配置。如有任何建议或问题，可以在此留言，或者给我发邮件：lishen0709@gmail.com。我会及时回复。

10.21更新：

尝试了一下画热图（用pheatmap），放弃了。单核1G内存根本没法跑。所以需要热图的小伙伴还是用自己的数据本地去跑吧。会R的可以参考：《使用pheatmap包绘制热图》。不会的用graphpad画就行了。

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