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TCGAbiolinks安装踩坑记录

沈大力

以前没用过TCGAbiolinks,这次分析想试试,结果安装一直失败,查看错误日志报错“purrrogress”这个包无法使用,网上查了查发现这个包已经从CRAN中移除了,那只能手动安装了。结果手动安装这个包又出现其他包不存在的情况,于是将这些包全部进行手动安装。

我遇到的情况是:安装“TCGAbiolinks”报错缺少“purrrogress”包;安装“purrrogress”包报错缺少“pkgcond”和“testextra”包,其中“pkgcond”可以通过install.packages命令安装;安装“testextra”包报错缺少“parsetools”和“postlogic”两个包,其中“postlogic”可以通过install.packages命令安装。

所以正确的做法是,Google搜索这些无法通过命令安装的包的CRAN网站,虽然这种包通常情况下都已经被CRAN移除了,但可以在CRAN的archive中找到之前的版本。因为的R的版本是3.6.3,所以我从archive中下载的这些包都是2019年的版本。下载完成后按照顺序安装即可。

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Nov. 10, 2021, 7:27 p.m.

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